विज्ञान और प्रौद्योगिकी विभाग ने नैनो विज्ञान के क्षेत्र में 2001 में नैनो विज्ञान एवं प्रौद्योगिकी पहल (एनआईएसटी) नामक एक आदर्श कार्यक्रम शुरू किया था। नैनो मिशन इसी कार्यक्रम का अनुगामी है.सरकार ने सन् 2007 में पांच वर्ष के लिए एक हजार करोड़ रुपये के आवंटन के साथ इसे नैनो मिशन के रूप में मंजूर किया.
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